In de Houtrustkerk staan op het ogenblik nog één orgel. Het grote orgel werd in 1937 gebouwd door de firma Klais te Bonn. Het heeft 37 registers, verdeeld over drie manualen en pedaal. Het tweede orgel staat momenteel thuis bij Marieke Stoel.
Enige keren per jaar zijn er koffieconcerten na de kerkdienst op zondagen van 12:00 tot 12:30. Deze concerten en het jaarlijkse kerstconcert van de Houtrustkerk worden uit naam van de Houtrustkerk georganiseerd door de cantor-organiste Marieke Stoel.
Er zijn vier CD’s uitgebracht die zijn opgenomen in de Houtrustkerk. Naar aanleiding van het vijfentwintigjarig jubileum van Marieke Stoel kwam in 2004 een CD uit met opnamen van koor- cantorij- en orgelmuziek uit verschillende perioden.
EigenWijs is een liedbundel uit eigen beheer en wordt steeds uitgebreid. Deze bevat liederen uit verschillende bundels maar ook liederen die door de eigen predikanten zijn gemaakt en door de cantor-organist Marieke Stoel op muziek gezet.
